乳酸菌益生作用
乳酸菌主要作用机理有以下几点：（1）提供营养物质，如赖氨酸和蛋氨酸等必须氨基酸、各种维生素，并可提高矿物元素的生物学活性；（2）产生有机酸、乳酸菌素等抗微生物活性物质，改善微生态环境，清理肠道有毒物质；（3）通过影响机体非特异性免疫应答、刺激活性氧及溶酶体酶等分泌来调节机体免疫系统功能等。
在众多饲用微生物添加剂中, 乳酸菌制剂是应用最为广泛、效果较好的一类。美国FDA（1989年）规定允许饲喂的微生物有40余种，有近30种是乳酸菌。我国2013年农业部批准使用的微生物品种有34种，其中乳酸菌为23种。
乳酸菌制剂应用之两面分析
乳酸菌是陆生动物及多种水产动物消化道固有菌,研究人员通过微生物分离、鉴定技术，可从不同动物肠道及生长环境分离出具有益生功能的菌株，通过发酵工艺的研究，形成乳酸菌单一或复合制剂。
乳酸菌最大的特点是不产生休眠芽孢并产生大量有机酸，万事有两面，不产生芽孢可使乳酸菌在应用过程中无需考虑萌发率的问题，繁殖迅速，但也使其在耐压、耐温及保存过程中失去优势；此外产生有机酸可以有效降低肠道和环境pH、控制有害菌过度繁殖，同时也需要认识到，过多乳酸产生也会反馈抑制其自身的繁殖甚至存活。
发酵工艺突破
所谓人不能因噎废食，乳酸菌的益生功能是毋庸置疑的，从理论和实践中都证明了这一点， 无疑是抗生素替代路上的理想选择，为解决以上两个矛盾点，广大微生态制剂研发、生产及应用实践人员在不断摸索中积累了很多经验。
关于如何改善发酵过程中因产酸反馈抑制造成菌量太低的问题，发酵中可通过不同的工艺调节环境的缓冲体系，使pH缓慢降低，消除在乳酸菌发酵过程中乳酸等有机酸的抑制，菌量可比改善前提高5~8倍，保证了菌体的增加及代谢产物的丰富。
辩证地看待乳酸菌制剂的菌量
但是如何解决保存中死亡的问题，避免在保存中菌量从百亿CFU/ml降低1~3个数量级到千万~亿CFU/ml，有很多研究加入了包被、冷冻干燥的工艺，研究和实践表明即使这样也需要低温保存才能保证其存活。这些发酵后处理的工艺的改进其实早有突破，且这样的工艺在我们人用乳酸菌发酵剂中非常常见，但为什么没有广泛应用在我们水产养殖行业，主要因成本和实用性问题，谁会把人用成本用在畜禽、水产上，而且我们也做不到在应用之前一直是低温保存，客户群体不同，承受的成本当然两样。
那么问题来了，为什么我们没有低温保存、也没有包被、冷冻干燥，却有着像比嘉照夫发明的EM菌这样的名牌商品？而且众所周知，EM原露有调水稳水、降低水体pH、调理肠道类等功效。其实，对乳酸菌的作用机理国内外一直有两种对立的观点，其一是认为是活菌起作用，其二是认为是代谢产物起作用。当然还有一种观点认为两者都不可少，作者个人支持菌加代谢产物是最好。
多少菌是最好呢，其实研究人员在做应用试验是就考虑到乳酸菌的衰亡问题，添加量试验就是在乳酸菌菌量平稳到其正常水平为依据添加的，即推荐用量中不管是投喂15ml/kg饲料还是水体泼洒4亩?米/瓶已考虑入衰亡的因素，是保守的添加量（以上数据为举例）。进一步得讲，优良的乳酸菌制剂，首先得保证在发酵中菌量尽量高，比如我们常说的八十亿、一百亿CFU/ml，收获尽量多的菌体和产物，其次就是菌加入环境中繁殖是很快的，一变二的时间只需十几~二十几分钟，即使是已衰亡到千万级别，接触到适宜环境是仍然可以再次快速繁殖起来的。这就是为什么EM原露的使用方法是用红糖进行富集，其实就是把EM原露当做源，红糖当做基质。放大到水体，道理是相同的，乳酸菌制剂是源，水体的有机物为基质，以小球撬动大球，不断扩大乳酸菌对水和肠道生态的调控。
乳酸菌制剂的应用安全性
对于从环境分离的不管是乳酸菌还是芽孢菌进行筛选时，首要工作就是安全性能评估，包括体内和体外的致病性试验，体外通过血涂板等方式确定其是否溶血，初步排除掉溶血菌株；小批量发酵后对动物进行超剂量浸泡；进一步的还需要进行超剂量投喂或腹腔、肌肉注射试验。确定其安全性以后才能进一步进行净水等效果验证。
在水产养殖中乳酸菌制剂主要起到的作用是调理养殖动物肠道，降低水体pH，是在严格的临床试验的基础上选择有繁殖潜力、产乳酸丰富的菌株（部分菌株需验证抑菌效果）通过深度发酵形成的制剂，一般3~4.5左右，所以检测乳酸菌的一个重要指标就是pH值得测定。
由于乳酸菌的衰亡比较快，尤其是到后期，菌量不应该做为乳酸菌的产品检测指标，只能作为辅助指标进行检测。目前市面的乳酸菌产品只能保证出罐（即发酵完成分离出发酵罐体）的菌含量。所以目前市场销售的乳酸菌产品标注含量基本上以出罐含量为准。
